L'univers se passe en l'an X564 dans un plan alternatif, dans cet univers le prof Chen n'a pas créé la pokéball et le pokédex, les pokémons domine largement les êtres humains. Les animaux sont extrêmement rares du fait qu'ils ont été exterminer par la race supérieure. Nous sommes dans une ère de destruction, les routes sont détruites la végétation, les mers et les montagnes. Depuis plusieurs siècles les êtres humains se cacher, en l'an x488 un être humain a créé la 1er arme fait à base de cadavre de pokémon, il découvre que l'arme avec les mêmes capacités que le pokémon utilisé pour confectionner l'arme, suite à cela les êtres humains commencent à construire des structures de défense, des villes se créent.
En l'an x495 les êtres humains découvrent des mystérieuses pierres de manas, des scientifiques ont étudié ces fameuses pierres et il s'avère que ces pierres attire les pokémon, mais pas n'importe quel pokémon, seul les pokémons les plus forts avec un type particulier sont attirés, les autorités ont alors décidé de répartir les pierres dans chaque ville afin d'éviter une forte concentration de pokémon, ils les concentrent dans un bâtiment et désigne un champion pour chaque pierre qui est responsable de la pierre. 1 an après, ils découvrirent une pierre encore plus grande, mais elle attirait trop de pokémon et elle fût placée or des villes, dans un coin. Mais au bout de 2 ans les bâtiments où était renfermer les pokémon commence à être surpeuplé, c'est alors qu'ils mettent en place un système de badge est de récompense afin de déstocker les pokémons.